Τα ίδια τα λειτουργικά συστήματα δεν περιλαμβάνουν συνήθως ενσωματωμένη λειτουργικότητα προστασίας από ιούς που σαρώνουν ενεργά και αφαιρεί τους ιούς με τον ίδιο τρόπο που το αφιερωμένο λογισμικό προστασίας από ιούς. Ενώ τα σύγχρονα λειτουργικά συστήματα έχουν χαρακτηριστικά ασφαλείας * προστατεύουν * από ορισμένες απειλές (όπως το sandboxing, την ελεγχόμενη πρόσβαση σε αρχεία και τους πόρους και τον έλεγχο των λογαριασμών χρηστών), δεν κυνηγούν ενεργά τους ιούς. Αυτή είναι η δουλειά των ξεχωριστών προγραμμάτων προστασίας από ιούς.
Σκεφτείτε το με αυτόν τον τρόπο:ένα λειτουργικό σύστημα είναι σαν το θεμέλιο ενός σπιτιού. Παρέχει τη δομή και τη βασική λειτουργικότητα. Ένα πρόγραμμα προστασίας από ιούς είναι σαν ένα σύστημα ασφαλείας - ένα επιπλέον στρώμα προστασίας που προστίθεται στην κορυφή για να προστατεύσει τους εισβολείς (ιούς).