Το F-16 δεν χρησιμοποιεί ένα λειτουργικό σύστημα γενικής χρήσης όπως τα Windows ή Linux. Αντ 'αυτού, χρησιμοποιεί ένα λειτουργικό σύστημα σε πραγματικό χρόνο (RTOS) . Οι συγκεκριμένες RTOs ποικίλλουν ανάλογα με την παραλλαγή του F-16 και τις αναβαθμίσεις των συστημάτων αποστολής του, αλλά είναι ιδιόκτητα και δεν ονομάζονται δημόσια. Αυτές οι RToses είναι εξαιρετικά εξειδικευμένες και βελτιστοποιημένες για τις απαιτητικές απαιτήσεις των συστημάτων ελέγχου πτήσεων και όπλων.