Πώς να κάνω μια ΡΑδΤΑ αρχείου σε ένα Mac

Η μορφή του αρχείου ΡΑδΤΑ είναι μια μορφή κειμένου με βάση χρησιμοποιούνται για να αντιπροσωπεύσουν ακολουθίες νουκλεοτιδίων και πεπτιδίων με κωδικούς μίας επιστολής . Η μορφή προήλθε με το πακέτο λογισμικού FASTA , η οποία αναπτύχθηκε στο Πανεπιστήμιο της Βιρτζίνια . Η μορφή ΡΑδΤΑ έχει εξελιχθεί σε ένα πρότυπο στον τομέα της βιοπληροφορικής . Είναι δυνατό να κατεβάσετε το πακέτο λογισμικού FASTA και να δημιουργήσετε και να συγκρίνουν ακολουθίες στο δικό σας υπολογιστή Mac . Τα πράγματα που θα χρειαστείτε
ΡΑδΤΑ εκτελέσιμο πρόγραμμα για Terminal πρόγραμμα Mac OS X
εικόνων Εμφάνιση Περισσότερες οδηγίες
Η 1

Κατεβάστε ένα εκτελέσιμο της ΡΑδΤΑ χτίστηκε για Mac OS X ( δείτε Resource 1 ) . Καθηγητής WR Pearson του Πανεπιστημίου της Βιρτζίνια διατηρεί μια ιστοσελίδα με τον πηγαίο κώδικα και δυαδική εκτελέσιμα αρχεία για μια σειρά από πλατφόρμες . Τον Φεβρουάριο του 2012, η ​​τελευταία δυαδική έκδοση του ΡΑδΤΑ για Mac OS X είναι fasta - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz . 2

Ανοίξτε ένα παράθυρο του Finder και πλοηγηθείτε χρησιμοποιώντας το αριστερό μενού για να σας κατεβάστε το φάκελο . Κάντε διπλό κλικ στο εκτελέσιμο δυαδικό αρχείο ΡΑδΤΑ που έχετε κατεβάσει . Αυτό θα αποσυμπιέσει και να αρχειοθετήσει τη μάζα πακέτο για να δημιουργήσετε ένα υπο - φάκελο με το όνομα " fasta - 35.4.11 " στο φάκελο λήψης σας .
Εικόνων 3

Ανοίξτε ένα παράθυρο τερματικού και πλοηγηθείτε στο φάκελο Downloads από τη γραμμή εντολών . Η εντολή στο τερματικό θα είναι " cd Downloads " εάν χρησιμοποιείτε τις προεπιλογές του συστήματος . Από το φάκελο Downloads , πληκτρολογήστε " cd fasta - 35.4.11 " για να μπείτε στο φάκελο ΡΑδΤΑ .
Η 4

Πληκτρολογήστε την εντολή " bin/fasta35 - q seq/mgstm1.aa επόμενα /prot_test . lseg " στο παράθυρο του Terminal . Αυτό θα τρέξει μια σειρά ερωτημάτων δοκιμή κατά μια βιβλιοθήκη δοκιμή . Εάν αυτή η εντολή εκτελείται σωστά , θα δείτε μια περίληψη των χρόνων σάρωσης και υπολείμματα ακολουθίας .
5

Δημιουργήστε ένα αρχείο ΡΑδΤΑ χρησιμοποιώντας οποιοδήποτε πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου , όπως η εφαρμογή TextEdit ή την εντολή vi από τον τερματικό σταθμό . Ένα αρχείο ΡΑδΤΑ είναι ένα απλό αρχείο κειμένου . Η πρώτη γραμμή του αρχείου πρέπει να περιέχει ένα χαρακτήρα " > ", ακολουθούμενο από ένα αναγνωριστικό ακολουθίας . Αρχείο ΡΑδΤΑ σας πρέπει να περιέχει μια αλληλουχία DNA για τις υπόλοιπες γραμμές .
Η
εικόνων