Ένα πλεονέκτημα ενός φυσικού μοντέλου μπάλας και ραβδί πάνω από ένα γραφικό είναι το
ενισχυμένη χωρική κατανόηση και χειραγώγηση . Μπορείτε να περιστρέψετε φυσικά και να χειριστείτε το μοντέλο για να απεικονίσετε το μόριο από διαφορετικές προοπτικές και να κατανοήσετε καλύτερα την τρισδιάστατη δομή του και τη σχέση του μεταξύ των ατόμων. Αυτό είναι πιο δύσκολο να επιτευχθεί με στατικές 2D αναπαραστάσεις ή ακόμα και με διαδραστικά μοντέλα 3D σε μια οθόνη, ειδικά για σύνθετα μόρια.