Δεν υπάρχει ενιαία απάντηση σε πόσους επεξεργαστές μπορεί να έχει ένας υπερυπολογιστής. Ο αριθμός ποικίλλει δραματικά ανάλογα με τον σχεδιασμό του συγκεκριμένου υπερυπολογιστή και τη χρησιμοποιούμενη τεχνολογία. Οι σύγχρονοι υπερυπολογιστές μπορούν να περιέχουν εκατοντάδες χιλιάδες ή και εκατομμύρια πυρήνες επεξεργασίας (όχι απαραίτητα όλους τους πλήρεις επεξεργαστές). Αυτοί οι πυρήνες μπορούν να διανεμηθούν σε πολλούς διασυνδεδεμένους κόμβους, ο καθένας από τους οποίους περιέχει πολλαπλούς επεξεργαστές ή μάρκες με πολλαπλούς πυρήνες.
Αντί να εστιάζουμε σε έναν ακριβή αριθμό, είναι πιο ακριβές να πούμε ότι ο αριθμός των επεξεργαστών σε έναν υπερυπολογιστή αυξάνεται συνεχώς ως τεχνολογική πρόοδος. Τα μεγαλύτερα συστήματα πιέζουν πάντα τα όρια του τι είναι δυνατό.