Το πρόγραμμα που διαχειρίζεται τα αρχεία και τους καταλόγους σε ένα δίσκο είναι το σύστημα αρχείων του λειτουργικού συστήματος . Αυτό δεν είναι ένα ενιαίο πρόγραμμα, αλλά μάλλον μια συλλογή από κλήσεις συστήματος και εξαρτήματα πυρήνα που χειρίζονται λειτουργίες αρχείων. Η συγκεκριμένη εφαρμογή ποικίλλει ανάλογα με το λειτουργικό σύστημα (π.χ. NTFS σε Windows, Ext4 σε Linux, APF σε MACOS).