Ενώ μπορούν να χρησιμοποιηθούν αρκετά πρωτόκολλα *, το πιο κοινό πρωτόκολλο για τη μεταφορά αρχείων μεταξύ συστημάτων UNIX και Linux είναι
Ασφαλής πρωτόκολλο αντιγραφής (SCP) , ένα πρωτόκολλο Secure Shell (SSH). Άλλες επιλογές περιλαμβάνουν το SFTP (πρωτόκολλο μεταφοράς αρχείων SSH) το οποίο βασίζεται επίσης σε SSH και προσφέρει περισσότερα χαρακτηριστικά και λιγότερο ασφαλείς επιλογές όπως το FTP (πρωτόκολλο μεταφοράς αρχείων) και το RCP (απομακρυσμένο αντίγραφο). Ωστόσο, τα SCP και SFTP προτιμώνται για την ασφάλειά τους.