Το σύστημα αρχείων που περιέχει τα περισσότερα αρχεία λειτουργικού συστήματος είναι συνήθως το σύστημα αρχείων ρίζας
(συχνά υποδηλώνεται ως `/` σε συστήματα Linux/Unix και `C:\` στα Windows). Εκεί βρίσκονται ο πυρήνας πυρήνα, οι βιβλιοθήκες συστήματος και τα βασικά δυαδικά αρχεία συστήματος. Ενώ άλλα συστήματα αρχείων ενδέχεται να αποθηκεύουν * μερικά * αρχεία που σχετίζονται με το λειτουργικό σύστημα (π.χ. διαμερίσματα ανταλλαγής), η συντριπτική πλειοψηφία βρίσκεται στο σύστημα αρχείων ρίζας.