Ναι, μπορείτε να εκτελέσετε προγράμματα MS-DOS στα Windows 98. Τα Windows 98 είναι χτισμένα πάνω σε έναν πυρήνα DOS, οπότε υποστηρίζει εγγενώς τα προγράμματα DOS. Δεν χρειάζεστε καμία ειδική ρύθμιση για να εκτελέσετε τα περισσότερα εκτελέσιμα DOS (.exe, .com, .bat). Θα τρέξουν απευθείας από τον εξερευνητή αρχείων ή τη γραμμή εντολών (MS-DOS προτροπή).