Για ποια μορφή SDF χρησιμοποιείται;

Το SDF (μορφή δεδομένων δομής) χρησιμοποιείται κυρίως για να αντιπροσωπεύει τις χημικές δομές των μορίων . Είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη μορφή αρχείου στη Cheminformatics και την Υπολογιστική Χημεία. Ένα αρχείο SDF μπορεί να περιέχει ένα ή περισσότερα μόρια, το καθένα με τις σχετικές δομικές πληροφορίες του και ενδεχομένως πρόσθετες ιδιότητες.

Οι πληροφορίες που κωδικοποιούνται σε ένα αρχείο SDF μπορούν να περιλαμβάνουν:

* Μοριακή συνδεσιμότητα: Τα άτομα και τα δεσμούς που αποτελούν το μόριο.

* Τύποι ατόμων: Ο τύπος στοιχείου κάθε ατόμου (π.χ., C, H, O, N).

* Συντεταγμένες ατόμων (3D): Η χωρική θέση κάθε ατόμου, επιτρέποντας την απεικόνιση της δομής 3D του μορίου.

* Μοριακές ιδιότητες: Διάφορα δεδομένα που σχετίζονται με το μόριο, όπως το μοριακό βάρος, το logp (συντελεστής διαμερισμάτων οκτανόλης-νερού), χαμόγελα string, inchi κλειδί κ.λπ.

Τα αρχεία SDF είναι συνήθως βασισμένα σε κείμενο και χρησιμοποιούν μια συγκεκριμένη μορφή με γραμμές που αρχίζουν με `> <κάποιο κείμενο>` για να υποδηλώνουν ιδιότητες και μπλοκ δεδομένων που περιέχουν τις πληροφορίες ατόμων και δεσμών. Η ευελιξία τους τους καθιστά κατάλληλη για την αποθήκευση μεγάλων συλλογών μοριακών δομών και των σχετικών δεδομένων τους, καθιστώντας τα δημοφιλή επιλογή για βάσεις δεδομένων και εφαρμογές εικονικής διαλογής.