FASTA Μορφή Περιγραφή

Ένα αρχείο FASTA - μορφή περιέχει μία ή περισσότερες αλληλουχίες νουκλεοτιδίων στο DNA. Η μορφή FASTA δημιουργήθηκε με το πακέτο λογισμικού ΡΑδΤΑ για αλληλουχίας του DNA , αν και έχει γίνει μια τυποποιημένη μορφή για την αναπαράσταση των ακολουθιών DNA στη βιοπληροφορική . ΡΑδΤΑ είναι μια απλή μορφή που καθιστά ακολουθίες εύκολο να αναλύσει τη χρήση scripting γλώσσες, όπως Perl και Python . Επισκόπηση
Η

Η βάση ενός αρχείου είναι μια γραμμή που ξεκινά με το χαρακτήρα " >" και ακολουθείται από κείμενο όπου αναφέρεται η προέλευση της ακολουθίας . Η γραμμή κεφαλίδας είναι συνήθως λιγότερους από 80 χαρακτήρες . Η γραμμή μετά από αυτή τη γραμμή κεφαλίδας περιέχει μια σειρά χαρακτήρων που αντιπροσωπεύει τα νουκλεοτίδια στα υπολείμματα DNA ή αμινοξέων σε μια πεπτιδική αλληλουχία .
Εικόνων κατοικίδια Χαρακτήρες DNA
Η

Μόνο νόημα χαρακτήρες επιτρέπονται ως μέρος μιας αλληλουχίας FASTA . Αλληλουχίες μπορεί να αποτελείται από Α, C, Τ, G ή U , που αντιστοιχεί στα νουκλεοτίδια αδενοσίνη, κυτοσίνη , θυμιδίνη , γουανίνη ή ουρακίλη , αντίστοιχα. Ωστόσο, η ακριβής ταυτότητα του νουκλεοτιδίου δεν μπορεί πάντα να είναι παρόντες από την αλληλούχιση. ΡΑδΤΑ περιέχει επίσης τους κωδικούς που αντιπροσωπεύουν τα πιθανά νουκλεοτίδια , όταν η αβεβαιότητα είναι παρούσα . Ο κωδικός Ν χρησιμοποιείται όταν δεν υπάρχει προσδιορισμός μπορεί να γίνει και Χ , όταν το νουκλεοτίδιο είναι συγκαλύπτεται από άλλα μόρια . Η " - " κωδικός χρησιμοποιείται για να αντιπροσωπεύει ένα κενό απροσδιόριστου μήκους

Η κατοικίδια Χαρακτήρες πεπτιδίου
Η

Ένα αλφαριθμητικό κώδικα μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για να εκπροσωπεί . τα 24 αμινοξέα που υπάρχουν σε μια πεπτιδική αλληλουχία . Εάν δεν είναι δυνατόν να προσδιοριστεί ένα πεπτίδιο , ο κωδικός X χρησιμοποιείται , παρόμοια με μία αλληλουχία DNA. Ένα "*" χρησιμοποιείται για να υποδείξει το άκρο ή διακοπής μεταφράσεως αλληλουχία ενός πεπτιδίου. A " - " . Είναι επίσης χρησιμοποιείται για να αντιπροσωπεύσει ένα κενό στα δεδομένα αλληλουχίας πεπτιδίων
εικόνων Άλλες πληροφορίες
Η

Το NCBI θέτει ένα πρότυπο αλληλουχία ID ή SEQID , για χρήση σε γραμμές επικεφαλίδας FASTA , αν και δεν υπάρχει οριστική πρότυπο για την ένταξη στη γραμμή κεφαλίδας FASTA . Ένα αρχείο FASTA που περιέχει πολλαπλές αλληλουχίες που είναι γνωστό ως ένα αρχείο πολλαπλών FASTA . FASTA αρχεία μπορεί να έχουν την επέκταση αρχείου " . Fasta , " " . Fna , " " . FFN , " " . Εφ.Εϊ.Εϊ , " " . ΤΚΕ " ή " . Fas . "


Η