Ένα σημαντικό μειονέκτημα της χρήσης FTP από τη γραμμή εντολών είναι η έλλειψη ασφάλειας . Το FTP μεταδίδει δεδομένα σε απλό κείμενο, που σημαίνει ονόματα χρήστη, κωδικούς πρόσβασης και τα ίδια τα δεδομένα παρακολουθείται εύκολα από οποιονδήποτε παρακολουθεί την κυκλοφορία του δικτύου. Αυτό το καθιστά εξαιρετικά ευάλωτο στις επιθέσεις που παραβλέπουν και άνδρες σε μεσαίες επιθέσεις. Ενώ το SFTP (πρωτόκολλο μεταφοράς αρχείων SSH) προσφέρει μια ασφαλή εναλλακτική λύση, είναι ένα διαφορετικό πρωτόκολλο εντελώς, όχι ένα χαρακτηριστικό της τυπικής FTP γραμμής εντολών.