Οι υπερυπολογιστές μπορούν να ρυθμιστούν για πρόσβαση πολλαπλών χρηστών, αλλά δεν είναι εγγενές στον ορισμό τους. Πολλοί υπερυπολογιστές χρησιμοποιούνται από πολλούς ερευνητές ή ομάδες, συχνά μέσω ενός εξελιγμένου συστήματος προγραμματισμού εργασίας που επιτρέπει σε πολλούς χρήστες να υποβάλλουν εργασίες που στη συνέχεια εκτελούνται παράλληλα. Ωστόσο, το ίδιο το σύστημα μπορεί να μην είναι άμεσα διαδραστικό, όπως ένας τυπικός διακομιστής πολλαπλών χρηστών που θα συνδεθείτε με ένα περιβάλλον επιφάνειας εργασίας. Αντ 'αυτού, οι χρήστες συνήθως αλληλεπιδρούν έμμεσα μέσω της υποβολής θέσεων εργασίας και στη συνέχεια στον έλεγχο των αποτελεσμάτων.